Las varitas de palo santo se queman porque se consideran una herramienta sagrada para ceremonias espirituales como el ritual de purificación con humo, el cual tiene distintos propósitos, pero, por lo general, se dice que ahuyenta las malas energías. La forma más común de usar el Palo Santo es como incienso o, en todo caso, encendiendo un pedazo de madera seca para esparcir el humo en un espacio determinado. Sin embargo, para que la madera se mantenga encendida, hay que prender la llama cada cierto tiempo y dejarlo en un recipiente para que este se apague solo.